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Avignon passe sous la suzeraineté des Wisigoths, des Ostrogoths, des Burgondes, et des Francs. Les incessantes successions entrent héritiers des rois mérovingiens donnent lieu à des partages, contestations et disputes qui se règlent souvent sur les champs de bataille. Arles, Marseille et Avignon sont les trois plus importantes villes de la Provence. Avignon est une "cité-forteresse", d'aspect encore romain. C'est aussi un centre intellectuel réputé : l'abbé parisien Domnole refuse en l'an 550 la charge d'évêque d'Avignon car il redoute la fréquentation des "sénateurs sophistes et des magistrats philosophes".
verre paléochrétien, musée lapidaire, Avignon © VF
Le Christianisme s'implante en Provence au IVème siècle. Avec le déclin de l'Empire et l'instabilité politique des premiers royaumes "barbares", l'Eglise est un élément de stabilité, les évêques sont des administrateurs qui perpétuent les traditions de droit romain.
La noblesse provençale d'origine gallo-romaine se réclame de "droit romain". Les esprits sont tournés vers la Méditerranée plutôt que vers le nord et la tutelle des rois francs "barbares" est mal supportée. Les troupes arabes occupent alors le Languedoc voisin et le patrice Mauronte leur ouvre les portes d'Avignon. Le cité est reprise par Charles Martel une première fois en 737 au terme d'un siège sanglant, et une seconde fois deux ans plus tard.
La ville repasse définitivement sous l'autorité des rois mérovingiens et les "traîtres" sont sévèrement châtiés. L'aristocratie franque soumet la Provence qui subit une période très sombre de son histoire.
Jusqu'au Xème siècle, Avignon connait un long déclin. Le pouvoir des comtes s'émiette au profit des seigneurs féodaux. Le commerce décline, la région est troublée par des bandes armées étrangères, arabes, normandes ou hongroises. En 932, le royaume de Provence est réuni à celui de la Bourgogne, formant ainsi un éphémère "royaume d'Arles", rattaché à l'empire germanique en 1033.
